その後、高槻城主高山右近が織田信長に攻められた天正の頃、兵火に焼かれ、当時の住職東雲和尚は、わずかに草庵を建てて寺名を伝えたが、徳川家康の手によって戦乱が収まった元和元年、宗永和尚が寺をついでから寺運大いに栄え、本山総持寺から蕉石和尚を請して中興開山とし、天台宗を改め曹洞宗とし、四百年を経た今なお大本山総持寺直末として、曹洞宗の古風を宣揚しています。